Amiram Ben Oleal, 21, didakwa membunuh berasaskan jenayah berunsur kebencian kaum dan seorang lagi remaja di bawah umur dituduh bersubahat membunuh.
Yinon Reuveni, 20, dan seorang lagi remaja di bawah umur didakwa melakukan keganasan terhadap penduduk Palestin.
Pendakwaan dilakukan selepas beberapa bulan siasatan yang gagal membuahkan hasil yang kukuh.
Serangan dan pembakaran rumah di perkampungan Duma di Tebing Barat itu menyaksikan Ali maut manakala ibunya, Reham dan bapanya, Saad kemudian meninggal dunia akibat kecederaan yang mereka alami.
Abang Ali, Ahmad, 4, terselamat, namun mengalami kecede­raan teruk dan kini masih menjalani rawatan.
Kejadian itu berlaku sebelum demonstrasi besar-besaran penduduk Palestin di seluruh Israel dan kawasan yang dikuasai rejim Zionis di kawasan Masjid al-Aqsa dan penempatan haram Yahudi.
Wartawan al-Jazeera, Charles Stratford di Baitulamqdis Barat melaporkan kerajaan Israel berhati-hati melaporkan pendakwaan itu.
“Kes ini sangat sensitif. Pengumuman tersebut dilakukan pada waktu sensitif,’’ katanya.